| 用于对靶蛋白进行检测/染色的荧光染料被相应激发波长的激光激发时将发出光线。那些被荧光标记了的颗粒或细胞，可以个别检测和分析。 自染色细胞发出的向和侧向散射光及荧光被流式细胞仪内一套滤光片和反光镜分成各个特定的波长并导向。荧光在流式细胞仪内被过滤， 使每个传感器检测的荧光只属某特定波长。这些传感器称为光电倍增管 (PMT)。 PMT 将光子的能量转换成电子信号 = 电压。 
例如： FITC 频道 PMT 检测 FITC 发射大约 519nm 波长的光。（它也检测任何其他荧光色素所发射出相近波长的荧光。） PE 通道 PMT检测 PE 发射 575nm 波长的光。（每个 PMT 会检测任何其他荧光色素所发射出相近波长的荧光。） 下图展示了流式细胞仪光学器件的一个例子。 
BP = 带通滤光片；DL= 双色长通滤光片/反光镜； 流式细胞仪采用了不同的滤光片来引导正确波长的光子通过每个 PMT: 带通 (BP) 滤光片允许透射窄范围内波长的光子。 
短通 (SP) 滤光片允许透射特定波长以下的光子。
长通 (LP) 滤光片允许透射特定波长以上的光子。
双色滤光片/反光镜（例如双色 LP 长通反光镜）安放在与光束形成 45° 角的位置。在长通双色滤光片中，特定波长以上的光子直接透过，与 此同时特定波长以下的光子会以 90° 角反射。 
信号检测： PMT检测荧光细胞每次发射的光子所产生的电压脉冲面积。 当荧光细胞通过激光束时，按一段时间内的光子数量所产生的峰或脉冲。它们被 PMT 检测到并转化为电压脉冲。每个细胞的每个脉冲称为 一次事件。测得的电压脉冲面积与该事件的荧光强度直接相关。 1.当没有荧光细胞通过光学仪器时，没有光子发射，所以检测不到信号。 
2.随着荧光标记细胞通过光学仪器并被激光照射，发射的光子数量增加，检测到的电压强度也相应增加。 
3.当每个荧光细胞完成通过激光束的路程，随着时间变化会形成一个电压脉冲。总脉冲高度和面积会被流式细胞仪检测。该脉冲称为一次 事件。每次的事件将会具有特定的强度，具体取决于所得脉冲面积。 
脉冲面积由每个脉冲时间片（取决于 ADC 的速度）的高度值加起来而确定，其中脉冲时间片为 10 兆赫，即每 1000 万个脉冲或每微 10 个脉冲。面积更好地代表了荧光总量。 这些事件根据脉冲强度（脉冲面积）而分配通道。 这些信号可以藉调高流过 PMT 的电压而被放大。 
根据其测量强度，每个事件赋予一个频道编号。总共有 1024 个通道。荧光越强，事件分配的频道编号越大。频道编号与事件数量的曲线图 是单参数直方图。通常，这些频道都以对数标度显示在 x 轴上。 无染色的阴性结果 
阳性结果 
如观察到阴性对照与阳性对照之间信号发生移位，此为阳性结果。 例如：ab21667 CCR2 抗人外周血单核细胞 (PBMC) 抗体染色，设门于单核细胞。 数据：匿名 Abreview 
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